Penyebab KA Krakatau dipangkas rutenya tidak lain karena minimnya okupansi penumpang Merak Pasar Senen dan Pasar Senen Merak. Kalaupun ada penumpang, tidak sesuai dengan harapan yang diinginkan oleh PT KAI. Biaya yang dikeluarkan untuk operasional tidak sebanding dengan pendapatan yang didapat dari penumpang yang menggunakan jasa KA Krakatau Merak Jakarta dan sebaliknya.
Berhubung KA Krakatau ini bukan kereta api yang mendapatkan subsidi dari pemerintah, jadi pengoperasiannya murni dari pendapatan penumpang. Jika KA Lokal atau KA bersubsidi, laku tidak laku tetap mendapatkan pemasukan dari subsidi.
Baca Juga Harga Tiket KA Ekonomi AC Bulan Juli
Selain itu, masalah waktu isitrahat rangkaian juga bisa menjadi problem. Walaupun hal ini bukan menjadi penyebab utama. Setidaknya usia rangkaian yang jam terbangkan banyak, maka akan mempercepat masa pakai kereta tersebut.
Nama Krakatau sebenarnya identik dengan Merak, Banten. Tapi apa daya KA Krakatau tidak mendapatkan tempat di hati masyarakat karena harga tiketnya yang tidak mengakomodasi. Dari 30.000 menjadi 50.000 dan tarif tersebut bersaing dengan Bus yang jadwalnya bisa mililh kapan saja dengan waktu tempuh yang tidak kalah beda kereta api.
Sekali lagi, Mulai Tanggal 17 Juli 2017 KA Krakatau Berubah Rute Blitar Pasar Senen PP, terakhir anda bisa menggunakan KA Krakatau Merak Jakarta pada 16 Juli 2017.