Stasiun Jakarta Kota bisa diakses dengan jaringan KRL dari berbagai kota di Jabodetabek seperti Bogor, Depok, Bojonggede, UI, UP, Pasar Minggu, Duri, Tangerang, Rangkasbitung, Maja, Parungpanjang, Bekasi, Cikarang, Cibitung, Tanjung Priok dan seterusnya. Dengan turun Stasiun Jakarta Kota lalu ke ruang tunggu penumpang atau langsung ke Jalur 2 dan 3 untuk menunggu kereta.
Untuk memberikan kenyamanan penumpang di Jakarta Kota sudah disiapkan fasilitas stasiun antara lain: Loket Go Show, Ruang Tunggu Penumpang, Loket Pembatalan, Customer Service on Station, Peron jalur 2 dan 3 untuk pemberangkatan KA, Meja Boarding untuk KA Jarak Jauh dan Mesin Check In Counter.
Kereta Api yang mengawali berangkat dari Jakarta Kota adalah Kutojaya Utara, Jayakarta Premium, Menoreh. Ketiga KA Ini tetap berhenti normal di Pasar Senen, jadi penumpang yang dari Pasar Senen tidak perlu kawatir untuk ketinggalan kereta.
Silakan awali keberangkatan kereta anda dari Jakarta Kota.